После окончания института продолжила обучение в аспирантуре Академии наук Киргизской ССР. С 1947 года работала главным библиографом Республиканской библиотеки имени Н. Г. Чернышевского. Позже возглавляла городскую детскую библиотеку имени Н. К. Крупской, а затем вновь продолжила работу в Республиканской библиотеке, где занималась развитием библиографической деятельности, организацией массовых просветительских мероприятий и подготовкой справочных изданий.

Большое место в ее жизни занимала общественная деятельность. Она была секретарем партийной организации учреждений культуры Первомайского района г. Фрунзе, депутатом Фрунзенского городского Совета народных депутатов, депутатом Урюктинского поселкового Совета Иссык-Кульского района. В 1975–1980 годах на общественных началах возглавляла группу Народного контроля совхоза «Урюкты».

В 1958 году Рахима Токтобаева представляла Кыргызстан на Второй декаде киргизского искусства и литературы в Москве, где принимала участие в мероприятиях, посвященных популяризации культуры республики на всесоюзном уровне.